Badan Pengelola Perbatasan Daerah Provinsi Maluku dibentuk berdasarkan Peraturan Gubernur Maluku Nomor 34 Tahun 2020 Tentang Kedudukan, Tugas dan Fungsi, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengelola Perbatasan Daerah Provinsi Maluku dan Badan Kesatuan Bangsa dan Politik Provinsi Maluku. Struktur organisasi ini merupakan hasil penataan kembali struktur organisasi dan tata kerja (SOTK) berdasarkan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor : 140 Tahun 2017 tentang Pembentukan Badan Pengelola Perbatasan Daerah. Perubahan organisasi perangkat daerah ini dimaksudkan untuk meningkatkan produktivitas organisasi, mengoptimalkan nilai pelayanan, mencapai hasil yang lebih maksimal, mengkosolidasikan fungsi-fungsi sehingga organisasi mampu memberi pelayanan optimal dalam rangka pelayanan, pengembangan dan percepatan pembangunan Kawasan perbatasan.
Badan Pengelola Perbatasan Daerah Provinsi Maluku merupakan unsur penunjang urusan pemerintahan di bidang pengelolaan daerah perbatasan negara di Provinsi Maluku yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah.
Badan Pengelola Perbatasan Daerah Provinsi Maluku mempunyai tugas pokok membantu Gubernur melaksanakan fungsi penunjang urusan pemerintahan bidang pengelolaan batas wilayah negara dan kawasan perbatasan yang menjadi kewenangan dan tugas pembantuan yang diberikan kepada daerah. Dalam melaksanakan tugas tersebut, Badan Pengelola Perbatasan Daerah menyelenggarakan fungsi:
Berdasarkan Perpres Nomor 33 Tahun 2015 tentang Rencana Tata Ruang Kawasan Perbatasan Negara di Provinsi Maluku, telah ditetapkan 28 lokasi prioritas di empat kabupaten kawasan perbatasan, yaitu Kabupaten Kepulauan Tanimbar, Kabupaten Maluku Tenggara, Kabupaten Kepulauan Aru, dan Kabupaten Maluku Barat Daya.
Provinsi Maluku memiliki 28 kecamatan lokasi prioritas (lokpri) dan 19 Pulau-Pulau Kecil Terluar (PPKT).
No | Kabupaten | Jumlah LOKPRI | Jumlah PPKT | Keterangan |
1 | Kab Maluku Barat Daya | 12 Lokpri | 6 PPKT | Semua Berpenghuni |
2 | Kab. Kep. Aru | 5 Lokpri | 8 PPKT | 1 Pulau Berpenghuni, 7 Pulau Tidak Berpenghuni |
3 | Kab. Kep. Tanimbar | 7 Lokpri | 4 PPKT | 2 Pulau Berpenghuni, 2 Pulau Tidak Berpenghuni |
4 | Kab. Maluku Tenggara | 4 Lokpri | 1 PPKT | Berpenghuni |